Der im Jahr 1800 mit dem Ziel der institutionellen Verwaltung der Bildungsstiftungen und des historischen Schulvermögen der alten Kölner Universität (1388–1798) und der dazugehörigen Gymnasien gegründete Kölner Gymnasial- und Stiftungsfonds ist Eigentümer der umfangreichen, überregional bedeutenden Kölner Jesuitensammlungen. Nach der Auflösung des Ordens im Jahre 1773 und vor allem in der Zeit der französischen Herrschaft haben diese Sammlungen vielfache Zerstreuungen und Verluste erleben müssen: Große Teile der Graphik- und Büchersammlungen wurden nach Paris verbracht, wo sie noch heute in der Bibliothèque Nationale und im Louvre liegen. Die in Köln verbliebenen (bzw. nach Köln zurückgekehrten) Objekte befinden sich als Dauerleihgaben in unterschiedlichen Kölner (Kultur-)Institutionen:

• Die Zeichnungen und Graphiken werden im Wallraf-Richartz-Museum aufbewahrt und erschlossen,
• die Büchersammlung der ehemaligen Jesuiten ist Teil der heutigen Gymnasialbibliothek an der Universitäts- und Stadtbibliothek Köln,
• das Kölnische Stadtmuseum beherbergt die Objekte und Instrumente des Physikalischen Kabinetts und
• die Porträts der jesuitischen Sammlungen befinden sich in den Depots des Kölner Gymnasial- und Stiftungsfonds.

Schriftliche Quellen für den Zeitraum des Wirkens der Jesuiten seit Mitte des 16. Jahrhunderts bis zur Auflösung des Ordens 1773 lagern im Historischen Archiv der Stadt Köln.

Der Kölner Gymnasial- und Stiftungsfonds förderte zwischen 2018 und 2026 einen größeren Projektverbund mit dem Ziel der systematischen Erschließung, Erforschung und historischen Kontextualisierung der Kölner Teilsammlungen:

Am Kölner Lehrstuhl für die Geschichte der Frühen Neuzeit war im Rahmen des Schwerpunktes „Kulturelles Erbe: Sammler, Sammlungen und Rezeption“ ein größeres Projekt zur (Entstehungs-)Geschichte des Physikalischen Kabinetts angesiedelt, aus dem zwei maßgebliche Publikationen hervorgegangen sind (2019: erste digitale Publikation zum Kabinett; 2025: die Dissertation von Henrike Stein, Lehre – Sammlung – Objekt. Das Mathematisch-Physikalische Kabinett des ehemaligen Jesuitenkollegs in Köln). Hierzu wurden auch die Daten der dokumentierten Objekte in der Datenbank „Kulturelles Erbe Köln” homogenisiert und recherchierbar gemacht. In einer weiteren digitalen Quellenpublikation aus dem Jahr 2020 haben wir ergänzend dazu die Umbrüche des bis 1773 maßgeblich von den Jesuiten geprägten Kölner Bildungswesens in der napoleonischen und preußischen Zeit nachgezeichnet. Zwischenzeitlich hat Henrike Stein ihre ebenfalls durch den Kölner Gymnasial- und Stiftungsfonds geförderte Dissertation Lehre – Sammlung – Objekt. Das Mathematisch-Physikalische Kabinett des ehemaligen Jesuitenkollegs in Köln veröffentlicht und es wird eine weitere Publikation von Gudrun Gersmann vorbereitet, die sich mit den Konfiskationen jesuitischer Sammlungsobjekte durch französische Kunstkommissare und dem Schicksal der jesuitischen Sammlungen in der französischen Zeit befasst.

Parallel zu den Forschungsprojekten am Kölner Lehrstuhl wurden an der Universitäts- und Stadtbibliothek Köln die jesuitischen Buchbestände aus der Kölner Gymnasialbibliothek im Kontext eines LAM-Projektes (Libraries/Archives/Museums) identifiziert, erschlossen und in einem eigenen Portal präsentiert.

Jenseits dieser durch den Kölner Gymnasial- und Stiftungsfonds geförderten Projekte war das Rheinische Bildarchiv mit seiner Datenbank „Kulturelles Erbe Köln“ ein wichtiger institutioneller Kooperationspartner für die digitale Dokumentation und Datenarchivierung der jesuitischen Sammlungsbestände in Köln.