Der im Jahr 1800 mit dem Ziel der institutionellen Verwaltung der Bildungsstiftungen und des historischen Schulvermögen der alten Kölner Universität (1388–1798) und der dazugehörigen Gymnasien gegründete Kölner Gymnasial- und Stiftungsfonds ist Eigentümer der umfangreichen, überregional bedeutenden Kölner Jesuitensammlungen. Nach der Auflösung des Ordens im Jahre 1773 und vor allem in der Zeit der französischen Herrschaft haben diese Sammlungen vielfache Zerstreuungen und Verluste erleben müssen: Große Teile der Graphik- und Büchersammlungen wurden nach Paris verbracht, wo sie noch heute in der Bibliothèque Nationale und im Louvre liegen. Die in Köln verbliebenen (bzw. nach Köln zurückgekehrten) Objekte befinden sich als Dauerleihgaben in unterschiedlichen Kölner (Kultur-)Institutionen:

• Die Zeichnungen und Graphiken werden im Wallraf-Richartz-Museum aufbewahrt und erschlossen,
• die Büchersammlung der ehemaligen Jesuiten ist Teil der heutigen Gymnasialbibliothek an der Universitäts- und Stadtbibliothek Köln,
• das Kölnische Stadtmuseum beherbergt die Objekte und Instrumente des Physikalischen Kabinetts und
• die Porträts der jesuitischen Sammlungen befinden sich in den Depots des Kölner Gymnasial- und Stiftungsfonds.

Schriftliche Quellen für den Zeitraum des Wirkens der Jesuiten seit Mitte des 16. Jahrhunderts bis zur Auflösung der Ordens 1773 lagern im Historischen Archiv der Stadt Köln.

Seit 2018 fördert der Kölner Gymnasial- und Stiftungsfonds einen größeren Projektverbund mit dem Ziel der systematischen Erschließung, Erforschung und historischen Kontextualisierung der Kölner Teilsammlungen:

Am Kölner Lehrstuhl für die Geschichte der Frühen Neuzeit ist im Rahmen des Schwerpunktes „Kulturelles Erbe: Sammler, Sammlungen und Rezeption“ ein größeres Projekt zur (Entstehungs-)Geschichte des Physikalischen Kabinetts angesiedelt (2019: erste digitale Publikation zum Kabinett; laufendes Dissertationsvorhaben Henrike Stein). Im Rahmen dessen wurden auch die Daten der digital dokumentierten Objekte homogenisiert und recherchierbar gemacht. In einer weiteren digitalen Quellenpublikation haben wir ergänzend dazu die Umbrüche des bis 1773 maßgeblich von den Jesuiten geprägten Kölner Bildungswesen in der napoleonischen und preußischen Zeit nachgezeichnet.

Im Kontext eines LAM-Projektes (Libraries/Archives/Museums) werden an der Universitäts- und Stadtbibliothek die jesuitischen Buchbestände aus der Kölner Gymnasialbibliothek erschlossen und in einem eigenen Portal präsentiert.

Jenseits der geförderten Projekte ist das Rheinische Bildarchiv mit seiner Datenbank „Kulturelles Erbe Köln“ ein weiterer  institutioneller Kooperationspartner für die digitale Dokumentation und Datenarchivierung der jesuitischen Sammlungsbestände in Köln.